ارتباط قرآن و علوم مختلف
بنابر اصل جامعیت قرآن، برخی این مجموعه عظیم الهی را حاوی کلیه علوم و مسائل مورد نیاز بشر پنداشته و در پی ایجاد رابطه مابین کلیه علوم نوین با قرآن برآمده اند. 
آیت الله معرفت این پندار را افراطی می داند و می گوید: «این ادعا که هرآنچه بشر به آن رسیده یا می رسد مانند دستاوردهای علمی، فنی، فرهنگی و... از قرآن بوده، و یا ریشه قرآنی دارد، ادعایی گزاف و بی اساس است. مقصود از کمال و جامعیت قرآن، جامعیت در شؤون دینی، اعم از اصول و فروع آن است; یعنی آنچه در رابطه با اصول ، معارف و احکام و تشریعات، بطور کامل در دین مطرح گشته است; به عبارت دیگر هرآنچه که در زمینه سلامت و سعادت معنوی، روحی و اخلاقی انسان است، در برنامه ها و اهداف قرآن قرار دارد، اما روشهای اجرایی، ساختاری و اجتماعی برای پیاده کردن این برنامه ها به عهده انسانهاست. 
بایستی به این نکته توجه داشت که دلیل ادعای قرآن کریم به کمال، در 
«الیوم اکملت لکم دینکم » 
و یا 
«تبیانا لکل شی ء» 
برعهده داشتن تشریع مطالب است; چنانچه از زاویه تکوین چنین می گفت، باید انتظار می داشتیم که هرآنچه بشر از علوم طبیعی، تجربی و... نیاز دارد بطور کامل در قران آمده باشد و یا حداقل ریشه اش در قرآن باشد; ولی منظور قرآن از «بیان هرچیز» و «کامل بودن دین » آن است که قرآن هرآنچه را در زمینه شریعت است،برای ما طرح و پایه ریزی کرده است. (15) 
آیه 
«و لا رطب و لا یابس الا فی کتاب مبین » (16) 
نیز که برخی برای تایید صحبت خود مبنی بر اینکه در قرآن همه علوم بشری و طبیعی نهفته است، بدان تمسک جسته اند، زمانی مورد قبول است که «کتاب مبین » را «قرآن » فرض کنیم، حال آنکه مفسران آن را «لوح محفوظ » تفسیر کرده اند; یعنی هرآنچه در عالم وجود تحقق می یابد، در آن لوح محفوظ ثبت می گردد. طبق شواهد ارائه شده مفسران، منظور از «کتاب مبین » در آیه فوق «قرآن » نیست. 
آیة الله معرفت جایی دیگر در تایید صحبت خود، دخالت قرآن در امور مربوط به علوم طبیعی را که بشر خود بایستی بدان برسد، دور از شان قرآن کریم دانسته می گوید: از طرفی شان قرآن و دین اقتضا نمی کند در اموری که مربوط به یافته های خود بشر است، دخالت کندو حتی راهنمایی کردن او هم معنا ندارد; زیرا خداوند به انسان عقل و خرد ارزانی داشته و فرموده:«و علم ادم الاسماء کلها» (17) یعنی به انسان اسماء را آموخته است. منظور از اسماء حقایق اشیاست; یعنی ما به انسان قدرت پی بردن به تمام حقایق هستی را داده ایم و برای آنکه جنبه جانشینی او در زمین به منصه ظهور برسد، باید خود جوشیده و به فعلیت برسد. 
خداوند انسان را توانمند و خردورز و کاوشگر آفریده است. از طرف دیگر میدان تاثیر پذیری را در طبیعت بازگذاشته است: 
«و سخر لکم ما فی السموات و الارض » 
همین کافی است که بشر بتواند با تصرف در طبیعت به طرف سازندگی دنیوی حرکت کند و لزومی ندارد که خداوند فرمول شیمی یا مسائل ریاضی را توضیح دهد. (18) 
واضح است که شارع در برخی موارد در مسائل غیر شرعی نیز دستوراتی داده است، زیرا خدایی که 
«یعلم السر فی السموات و الارض » (19) 
است، به هنگام بیان مطالبی از اسرار طبیعت به صورت اشاره و کنایه صحبت می کند و این تراوشاتی است که به هنگام بیان مناسب شرعی عرضه می شود. از دیدگاه دیگر، این موضوع از تفضل خدای تعالی بر بشر خبر می دهد. بطوری که وظیفه خدای سبحان بیان این امور نبوده است; بلکه از روی تفضل و لطف اشاراتی کرده است. 
از این رو، وظیفه شرع، دخالت در آنچه عقل بشر بدان می رسد، نبوده است. البته در احکام تعبدی بشر که شرع دستور عمل یا احتیاط را داده، عقل بشر توان پی بردن به واقعیت آن عمل را نداشته است و چنانچه این توان را می یافت، قطعا آنچه را شرع دستور داده، پیاده می کرد. در نتیجه در اسلام احکامی وجود دارد که صرفا جنبه تعبدی دارد و با پیشرفت علم، احکام آن قابل تغییر نیست.

بسیاری از مخالفان قرآن کوشیده اند چنین شبهه افکنی کنند که این کتاب آسمانی با دنیای امروز که عصر پیشرفت علوم و تکنولوژی است، متناسب نیست; بلکه فقط اعجاز عصر پیامبر ختمی مرتبت صلی الله علیه وآله است و صرفا برای زمان ایشان شمولیت داشته است و اکنون همانند کتاب مقدس انجیل صرفا برای استفاده فردی قابلیت دارد.

از این دیدگاه، تئوری جدایی دین از سیاست و در پی آن عدم جامعیت و جاودانگی قرآن کریم داده می شود که مغالطه ای بس خطرناک و شائبه ای ناپسند است. 
بدیهی است یکی از نشانه های اعجاز قرآن مجید و از جمله دلایل خاتمیت دین مبین اسلام و برتری آن بر دیگر ادیان، جامعیت و جاودانگی این نسخه الهی است. 
ما بر آنیم که ادله جامعیت قرآن کریم را از لابلای سخنان گهربار حضرت علی علیه السلام در نهج البلاغه استخراج کنیم; زیرا بیان حضرت، قطعا دیدگاههای افراط گرایانه و نیز تفریط گرایانه را رد می کند و نظریه ناب در این باره به منصه ظهور می رسد.